監理工程師在施工合同的管理過程中，必須嚴格按計劃進行監理。但是，對于承包商提出的組織施工方案，作為監理工程師不應過多干涉。特別是由于業主的某種需要，要求承包商提前竣工的，監理工程師應協助業主與承包商簽訂協議。對于承包商未能按期完工的，要按FIDIC黃皮書的條款區別對待，比如由于發包人不能按專用條款的約定提供開工條件的；發包人不能按約定日期支付工程預付款、進度款，致使工程不能正常施工的；設計變更和工程量增加的等等，要認真分析，做到公正、公平、合理解決。
在工程價款支付的監管的方面，監理工程師要按施工合同協助業主按期審批工程款，保證承包人得到合理的款項，保證工程正常施工。對于業主提留的保留金和保留金的返還以及由于物價上漲、意外事件等造成的拖欠，應根據具體情況具體處理，防止造成甲乙雙方的經濟損失。
同時，在工作中，監理工程師要考慮到絕對工程的變更管理。對于由于增加或減少合同中的工作量，改變使用功能、質量要求標準和產品類型，任何部分施工順序等原因造成工程變更的，監理工程師要根據工程變更令，從提高工程效率出發，避免造成管理混亂。
業主與承包商在工程建設中發生合同爭議是難免的事情，這時，作為第三方的監理應主動協調解決，達不成一致時請第三方調解解決，而當調解不成的，則需通過仲裁或訴訟最終解決。因此，監理工程師在專用條款中應與雙方明確約定共同接受的調解人，以及最終解決合同應采取的方式，根據索賠的依據，嚴格按照施工合同的約定，公正地判明責任方。在這里必須注意施工合同索賠的成立條件：與施工合同對照，已造成承包商超出施工成本的額外支出，或由于業主的原因造成的工期延誤；不屬于承包商應承擔責任；承包商按施工合同規定的程序，提交了索賠意向的通知和索賠報告。另外，監理工程師在審核索賠條款時，還應認真審核對某一事件的影響可能涉及到承包商成本的增加是否合理、承包商的取費標準是否正確合理、以及分清總價合同與單價合同之間是否有出入等項目。
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